2001年，廈門市心臟中心成立。2014年，正式獲市政府批準獨立建院，為三級公立心血管病專科醫院。2016年，獲批正式更名為“廈門大學附屬心血管病醫院”，保留“廈門市心臟中心”為第二名稱。2019年6月醫院整體搬遷至五緣灣。 2021年入選國家心血管疾病臨床醫學研究中心分中心， 委省共建國家心血管病區域醫療中心。

2024年5月13日，圖特科技成功中標廈門大學附屬心血管病醫院 —物資系統升級改造項目。